2006年全米オープンに出場できるのは156名のみ。6月3日に終了した「メモリアルトーナメント」で優勝を果たしたカール・ピーターソン（スウェーデン）が、予選免除となり80名の出場選手が決定している。残り76名の出場枠を巡り全米各地13会場、イングランド会場、そして5月29日に東京GCで既に行われた日本会場と計15会場で最終地区予選が開かれた。

一番の注目を集めたのは6月5日ニュージャージー州で行われた（通過人数は18名）予選会。ハワイの一次予選でトップ通過のメダリストで駒を進めていたミッシェル・ウィ（16才）は午前プレーした南コースで2アンダーの68（パー70）といいスタートを切ったが、午後プレーした北コースで75（パー72）とスコアを落とした。通算1オーバーはカットラインの4アンダー（プレーオフで1名のみ通過）に5打足らずに落選となっている。同会場ではメジャー優勝者のマーク・オメーラ（イーブンパー）も落選となっている。

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昨年の「全米オープン」優勝者、マイケル・キャンベル（ニュージーランド）は、イングランド・ウォルトンヒースGCでの予選を通過してパインハーストへの出場権を得ていたが、今年も英国予選には欧州ツアーで戦う実力選手が参戦していた。8枠の本選出場者にはインド出身で日本ツアーにも参戦しているジーブ・ミルカ・シンとジョティ・ランダワ や、豪州出身のレフティー、リチャード・グリーンなどがいる。前週の欧州ツアー「ウェールスオープン」で優勝したロバート・カールソンは7打足りずに落選となっている。

メリーランド州ウッドモントでは丸山大輔がプレー。通過となる4枠を目標に36ホールプレーした。「69」-「68」、137ストロークは3位タイとなり3名で2人が通過となるプレーオフに突入。ここで丸山は3番目となってしまい補欠1番目で競技を終了となってしまった。

オハイオ州コロンバスでは、先日「全米プロシニア選手権」で優勝したジェイ・ハース（52歳）が出場権を得るが、息子のビル・ハースはもうひとつの会場で落選と明暗を分けた。昨年パインハーストで最終日最終組でプレーしたジェイソン・ゴアは落選。最近肘を痛めていたので万全の状態ではなかったようだ。前週、全米学生選手権で個人優勝と団体優勝を果たしたジョナサン・ムーアが、オレゴン会場でメダリスト通過。アフリカ・ザンビア出身のマダリトソ・ムシーアもオハイオ会場でメダリスト通過となり、本選の活躍が期待される。

日本人選手は昨年の日本ツアー賞金王の片山晋呉、昨年15位フィニッシュとした今田竜二。そして日本で行われた最終予選を勝ち抜いた谷口徹、深堀圭一郎、高山忠洋の5名が参戦となる。全米オープンはプロゴルファーまたはハンディキャップが1.4以下のアマチュアゴルファーを対象となる。ちなみに1次予選は、全米各地110会場で18ホール予選が行われ、最終地区予選15会場を通過すると本選に出場できる。今年は8,584人のエントリーが認められていた。